Xưởng phim được thành lập bởi bộ phận sản xuất hoạt hình của SMEJ, Aniplex, vào ngày 9 tháng 5 năm 2005, để làm sống động loạt phim anime và sản phẩm của họ.[4][5] Năm 2006, họ đồng sản xuất bản gốc Zenmai Zamurai, và vào tháng 10 cùng năm, thành lập một studio ở Asagaya. Vào năm sau, năm 2007, hãng đã sản xuất loạt phim đầu tiên, Ōkiku Furikabutte.

Ban đầu họ được thành lập để giám sát việc sản xuất chỉ một vài bộ phim theo định hướng gia đình của Aniplex, xưởng phim đã phát triển và mở rộng như một xưởng phim chính thức liên quan đến việc sản xuất một loạt các sản phẩm truyền thông, phim hoạt hình và các hoạt động khác.

Studio cũng đã mở rộng sự hiện diện quốc tế của mình, tham gia hội nghị quốc tế được ghi nhận như Anime Expo 2007 (AX 2007), được tổ chức tại Long Beach, California, và có bảng riêng ở đó.[6]

Vào tháng 4 năm 2018, A-1 Pictures đã đổi tên Kōenji Studio thành CloverWorks. CloverWorks sẽ có bản sắc thương hiệu độc đáo, có thể phân biệt với Studio chính của Asagaya.[3][7]